Der har været nogle bivirkninger rapporteret, mens du bruger Melanotan 2, disse virkninger opstår typisk i løbet af de første par dage af dosering og vil blive stadig mindre tydelige, efterhånden som kroppen tilpasser sig peptidet. De fleste brugere vil opleve i det mindste nogle af bivirkningerne i varierende grad, oftest kvalme, appetit undertrykkelse, rødmen i ansigtet og kedelig hovedpine.


Disse vil typisk blive synlige inden for få minutter efter administration, men kan vare i 1-2 timer. For at bekæmpe kvalme kan en antihistamin tages ved injektion, indtil kroppen vænner sig til det. Men den mest almindelige måde at håndtere dette på er at injicere Melanotan før sengetid, dette er også gavnligt for at bekæmpe enhver døsighed.

Mandlige erektioner
Melanotan 2 forårsager også stigninger i libido og ses ofte i forbindelse med ydre fysiske tegn på seksuel ophidselse, hvorved den mandlige bruger oplever længere perioder med øget blodgennemstrømning til penis. Denne særlige virkning aftager ikke i sværhedsgrad over tid, og tilfælde af forekomst kan forventes i hele perioden med brug af MT2.
• Fregner/modermærke

Lysere fregner/modemærker og tidligere ukendte modermærker kan blive mørkere og blive mere synlige ved brug af Melanotan 2. Dette kan også forekomme naturligt blot ved solbadning; Melanotan 2 er dog kendt for at fremskynde denne proces hos nogle brugere. For at reducere risikoen for denne effekt bør du i første omgang ikke injicere mere end og 2-3 mg Melanotan 2 i din krop mellem hver solbadning, da det antages, at solbadning udjævner koncentrationen af ​​melanin i krop og forhindrer det i at samle sig i eksisterende fregner/modemærker (som er naturlige koncentration punkter for melanin).
Tilsvarende kan du for at reducere risikoen yderligere tage en mindre dosis og mindre hyppige injektioner end anbefalet og lade din solbrændthed bygge langsommere. Eventuelle fregner/modermærker, der er blevet mørkere under brugen af ​​Melanotan 2, vil normalt falme ved ophør af brug; tidspunktet for dette vil dog være forskelligt for hver bruger. For at fremskynde processen bør du også undgå UV-eksponering.

Ardannelse
Eventuelle uhelede ar eller sår kan blive uforholdsmæssigt mørkere sammenlignet med den omgivende hud, når du bruger Melanotan 2. Det anbefales at sikre, at alle ar er helet fuldstændigt, før du begynder at bruge Melanotan 2. Mens du bruger Melanotan 2, kan alle lette hudafskrabninger (såsom snitsår og ridser) også blive mørkere, så du bør sikre dig, at der tages ekstra hensyn til din hud i denne periode. • Hvide pletter
Disse pletter repræsenterer beskadigede områder af huden, hvor der kun er en lille mængde melanocytter/melanin og skyldes en historie med solskoldning. De bliver mærkbare under brug af Melanotan 2, da den omgivende hud bliver mørkere, men er ikke forårsaget af dens brug. På samme måde, hvis du bemærker større hvide pletter, er dette tegn på en svampeinfektion, som kan behandles med anti-svampe medicin såsom Nizoral, og er ikke forårsaget af brug af Melanotan 2, men kun gjort mere synlig, når din hud er solbrændt.

Hyperpigmentering
Ud over fregner og modermærke forandringer er der ret sjældne rapporter om et fænomen kaldet hyperpigmentering. Hyppigheden af ​​hyperpigmentering ser ud til at være højere, når Melanotan 2 tages alene og uden udsættelse for sol eller liggestole. Dette er kendetegnet ved pletter af mørk hud, normalt meget større end almindelige modermærker. Ikke alle forekomster af hyperpigmentering kan tilskrives øget melanocyt aktivitet, selvom deres udseende først bliver synlig under brugen af ​​Melanotan 2. Denne tilstand omtales specifikt som diffus hyperpigmentering med mange mulige underliggende årsager eller lidelser, herunder Addisons sygdom, hæmokromatose, hyperthyroidisme og visse lægemidler, der kan fremkalde fototoksiske reaktioner.